En realidad, la mula es un animal semiestéril; todos los machos (mulos) son estériles por un problema en la glándula seminal. Sin embargo, la hembra (mula) puede generar óvulos fértiles. Cuando los cromosomas se recombinan, antes de quedarse con la mitad de la dotación genética de la hembra y formar así un gameto, se reparten al azar. Todos aquellos óvulos generados con parte de los genes procedentes de yegua y burro (los progenitores de la mula) mezclados, son óvulos estériles y no podrán ser fecundados. Sin embargo, los escasos óvulos que por recombinación al azar se formen sólo con el ADN heredado de su madre yegua, o sólo con el ADN heredado de su padre asno, pueden ser fecundados. El porcentaje de óvulos fértiles es extremadamente bajo.
Por ello, si en esa ovulación (una de entre muchos ciclos ovulatorios) la mula es cubierta por un caballo, nacerá un potro, y si es cubierta por un burro, nacerá un burrito. No se conocen casos en que una mula dé a luz a un híbrido similar a ella. Así, una mula hembra que tenga ciclos estrales y pueda llevar un feto, podrá quedar preñada de forma natural o por medio de transferencia embrionaria; en sí el problema reproductivo radica en poder preñar al animal en primer lugar.
A pesar de esto, cuando la mula queda gestante, es difícil que lleve a término la gestación, y por lo general, la cría nacida es débil y enfermiza. Algunos autores lo asocian a que es un animal nacido con acortamiento de telómeros y sufre envejecimiento prematuro. Sin embargo, dada la escasez de estos animales, es algo que no se ha podido demostrar aún.
